平成２３年１月２１日、菅総理は総理大臣官邸に各府省事務次官等を招集し、訓示を行いました。

　菅総理は、「一つは、省庁間の調整であります。従来は事務次官会議というものががあることによって、各省庁の調整が進められてきたという風に理解しておりますけれども、省庁間の調整は各大臣の間、あるいは副大臣の間で調整をするといういわゆる政治家のルートと並行して各省庁の事務次官なり、局長なり、それぞれのレベルでの調整が必要だということは当然のことだと思います。それぞれの役割の中で、役目を果たしていただきたいということであります。
　もう一つは、政務三役、つまりは政治家との関係であります。それぞれ試行錯誤があったことは、率直に認めなければならないと思います。それぞれの役所で大臣、副大臣としっかりと遠慮なく話をしていただいて、こういう場面は政治家だけ、こういう場面はやはりしっかりと事務次官はじめ幹部の皆さんが同席してやろうと、そういうことをそれぞれの省庁でも議論いただき、合意をいただきたい。いい形の協力関係をお願いいたしたいと思います。」と述べました。