平成２１年９月１８日、鳩山総理は総理大臣官邸に各府省事務次官を招集し、指示を行いました。

　鳩山総理は、「私の指示でありますが、本来、国民の皆様方の投票によって選ばれているのが政治家ですし、政治家の皆さんが国民の意志をしっかりと受け止めて、民意というものを反映させる政治を行わなければなりません。
　事務次官会議を廃止することは、決して官僚叩きだとは思わないでいただきたい。政治家が一本立ちして、国民の皆様の民意に沿った政治を行うために、当たり前のことを行う第一歩なんだと理解していただきたい。
　また、どんな企業においても、企業のトップが責任を持って様々な判断をして、それを発表するのが当然のことだと思っています。しかし、専門的な事柄に関して、必ずしもトップが熟知していないこともあるため、国民の皆様の生命や財産を守るための意志表示は大いに行っていただいて結構です。大臣のもとで、必要に応じて、いろいろなデータや思いを述べていただくことも、当然当たり前のことだと理解をしております。」と述べ、今後の方針について理解を求めると共に、指示を行いました。